إن مهمة نقابتي أطباء لبنان هي مهمة طبية، صحية، علمية، إدارية، إرشادية تستهدف:
- جمع كلمة الأطباء والدفاع عن حقوقهم والمحافظة على مصالحهم المعنوية والمادية المشروعة ورفع مستوى مهنتهم والسهر على آداب الطبابة وكرامتها.
- تأديب الأطباء الخارجين على قوانينيها وعلى الآداب الطبية.
- إبداء الرأي وتقديم المقترحات الضرورية بمشاريع القوانين والأنظمة المتعلقة بمهنة الطبابة وبالاتفاقات الصحية.
- إبداء الرأي في إرسال البعثات الطبية وفي حضور المؤتمرات الصحية الدولية.
- التنسيق مع المؤسسات الحكومية، ولا سيما مع وزارتي الصحة العامة والبيئة لإتخاذ المقررات التي تراها النقابة مفيدة في المسائل العائدة للصحة العامة، وفي رسم السياسة الصحية الوطنية.
- تقديم المقترحات بشأن المناهج الدراسية الطبية في كليات ومعاهد الطب في لبنان، والسهر على الأهلية المهنية للأطباء.
- المساهمة إلى جانب المؤسسات المحلية والدولية في الدفاع عن حقوق الإنسان في الشأن الصحي.
- التنسيق مع وزارتي الصحة العامة والإعلام بكل ما يتعلق بالإعلام الطبي والبرامج الطبية من أي نوع كانت.
- إبداء الرأي في تنظيم المهن المساعدة في حقل الطب.
- وضع دليل للتعرفة وللبدل.
- السعي لحل المنازعات التي قد تقع بين الأطباء أو بينهم وبين مرضاهم.
- معاونة المحتاجين والعجز من الأطباء أو من عائلاتهم، وإنشاء صندوق تقاعدي لضمان الشيخوخة والعجز.
- وضع صيغة تأمين صحي ذاتي للجسم الطبي، وإنشاء صندوق تعاضدي لهذه الغاية.